En http://www.rubenortiz.es/2009/05/07/putty-y-certificados-ssh/ lo explica con detalle, pero a mi desde un pc no me funcionaba lo de cargar la frase automática por lo que tardaba más en entrar que con user y pass.

Lo he hecho así :

—–GENERAR LA CLAVE
-Para conectar mediante putty desde pc, descargamos generador de llaves => http://the.earth.li/%7Esgtatham/putty/latest/x86/puttygen.exe
-Iniciamos, movemos el ratón (va generando la llave al moverlo… xD), (la frase es opcional), guardamos clave pública y privada (archivos de clave *.ppk)
-Nos conectamos al servidor
-Añadimos la clave pública que nos da el keygen al final del archivo

vi /root/.ssh/authorized_keys2

Si no existe el archivo lo creamos

ssh-keygen -t rsa

-Cargamos en nuestra configuración local de Putty los datos de nuestra conexión, vamos a Connection/SSH/Auth seleccionamos y cargamos archivo clave privada que hemos generado antes.
-Volvemos a Session => save

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