Bueno, una manera bastante sencilla de realizar un mantenimiento de una base de datos MySql básico sería algo así :

* Conocer como crear el conector $link.
Te dejo el tutorial por si te interesa: Tutorial Conexión a MySql desde PHP

//conectamos
mysql_conecta($link);
//listamos tablas
$tablas=mysql_query("SHOW TABLES FROM box",$link);
//recorremos todas las tablas
while($ft=mysql_fetch_array($tablas)){
//optimizamos las tablas
mysql_query("OPTIMIZE TABLE ".$ft[0],$link);
//otras tareas ...
}

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