Para realizar copias de seguridad, en linux, de nuestros archivos web cada cierto tiempo, deberemos de crear una tarea en el cron. Si no sabes como crearla pásate por aquí.

Yo suelo utilizar php para realizar dichas tareas:

//ruta archivo de salida
$C_FILE_ARCHIVO = "/ruta/backups/file_backup_".date("y_m_d_H_i_s").".tar.bz2";

//archivo o directorio a comprimir
$C_FILE_COMPRIME="eldirectoriodemiweb.com/";

//instrucción de guardado
system('tar -c "'.$C_FILE_COMPRIME.'" | bzip2 > "'.$C_FILE_ARCHIVO.'"');

Cualquier duda preguntarla.